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Inquisit | 心理学实验软件培训
 
   班级人数--热线:4008699035 手机:15921673576( 微信同号)
      增加互动环节, 保障培训效果,坚持小班授课,每个班级的人数限3到5人,超过限定人数,安排到下一期进行学习。
   授课地点及时间
上课地点:【上海】:同济大学(沪西)/新城金郡商务楼(11号线白银路站) 【深圳分部】:电影大厦(地铁一号线大剧院站)/深圳大学成教院 【北京分部】:北京中山学院/福鑫大楼 【南京分部】:金港大厦(和燕路) 【武汉分部】:佳源大厦(高新二路) 【成都分部】:领馆区1号(中和大道) 【广州分部】:广粮大厦 【西安分部】:协同大厦 【沈阳分部】:沈阳理工大学/六宅臻品 【郑州分部】:郑州大学/锦华大厦 【石家庄分部】:河北科技大学/瑞景大厦
开班时间(连续班/晚班/周末班):即将开课,详情请咨询客服!
   课时
     ◆资深工程师授课
        
        ☆注重质量 ☆边讲边练

        ☆若学员成绩达到合格及以上水平,将获得免费推荐工作的机会
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   质量以及保障

      ☆ 1、如有部分内容理解不透或消化不好,可免费在以后培训班中重听;
      ☆ 2、在课程结束之后,授课老师会留给学员手机和E-mail,免费提供半年的课程技术支持,以便保证培训后的继续消化;
      ☆3、合格的学员可享受免费推荐就业机会。
      ☆4、合格学员免费颁发相关工程师等资格证书,提升您的职业资质。

课程大纲
 
  • USEARCH(Ultra-fast sequence analysis)是一款超级快的序列分析软件,在序列比对、聚类、操作等多领域被广泛的应用。在扩增子分析领域的OTU聚类非常受欢迎。该软件由Robert Edgar开发,在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等步骤的准确度以及效率上显著高于老牌的mothur,QIIME等软件。截至目前,已经有全球8,006篇论文应用了USEARCH软件。该软件的64位版本是需要付费的,欢迎联系睿驰科技获取报价。
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  • USEARCH的优点如下:
  • 1.高速序列比对和聚类;比对速度是BLAST的10-1250倍,聚类速度是CD-HIT的1-1000倍。
  • 2.安装简单便捷,程序小巧,易用。
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  • 2018年7月底,USEARCH新版11已正式发布。新版Version 11,新增了6大新功能以及21个新命令。
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  • 新功能包含:
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  • 1.Machine learning:机器学习,主要包括随机森林、多次交叉验证、OTU分类重要性,包括的命令有森林训练、森林分类和森林交叉验证
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  • 2.Improved cross-talk detection:改进嵌合体检测
  • 3.Novel alpha diversity metrics:新增了两种Alpha多样性指数:Mirror estimator 、Singleton-free(FE)estimator
  • 4.Octave plots for visualizing alpha diversity:Octave plots(八度图)展示Alpha 多样性,方便观察样品中真实序列、测序错误和嵌合体数量
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  • 5.Statistical significance of diversity differences between groups:样品组间多样性比较
  • 6.Cross-validation by identity (CVI):同一性交驻验证特征预测的准确率
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  • 新增命令包含:
  • calc_lcr_probs:Calculate lowest common rank probabilities 计算序列物种分类各级概率
  • cluster_tree:Construct clusters from tree using distance cutoff 基于树文件聚类
  • distmx_split_identity:Split distance matrix into test/training pair for CVI 拆分距离矩阵为测试和训练集
  • fastx_syncpairs:Sort forward and reverse reads into the same order 双端序列找成队并排序
  • fastx_trim_primer:Remove primer-binding sequence from FAST×file 引物匹配并切除
  • forest_classify:Classify data using random forest 随机森林分类预测
  • forest_train:Train random forest classifier 随机森林分类器建立
  • nbc_tax:Predict taxonomy using RDP Naive Bayesian Classifier algorithm 采用RDP算法预测分类学物种注释
  • otutab_binary:Convert OTU table with counts to presence(1)/absence(0) 转换OTU表为二元(有、无)形式
  • otutab_forest_classify:Classify samples using random forest 样品随机森林分类
  • otutab_core:Identify core microbiome in OTU table 鉴定OTU表中核心微生物组
  • otutab_forest_train:Train random forest classifier on OTU table 基于OTU表的随机森林训练
  • otutab_otus:Extract OTU labels from OTU table 提取OTU表中的OTUs
  • otutab_rare:Sub_sample OTU table to same number or reads per sample 抽样标准化OTU表
  • otutab_samples:Extract sample labels from OTU table 提取OTUs表中样品名
  • otutab_select:Identify OTUs which are informative (correlate with metadata)鉴定更有信息的OTUs,即组间差异OTUs
  • otutab_xtalk:Identify cross-talk using improved algorithm(UNCROSS2)改进算法鉴定嵌合
  • search_pcr2:In-silico PCR,search for matches to primer pair 电子PCR,基于引物匹配扩增区
  • subtree:Extracts subtree under given node 提取树中指定结点的子树
  • tabbed2otutab:Convert read mapping file (read+OTU)to OTU table 单行表格转换为OTU表
  • tree_subset:Extract subset of tree for given set of leaf labels 根据树叶标签提取子集
 
 
  备案号:沪ICP备08026168号 .(2014年7月11)...................
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